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本校與屬於日本九州「都築總合學園」的第一藥科大學,於民國91年即開始有互相參訪交流的活動,且於94年派遣本校教師至該學園在東京新創立之日本藥科大學講授中藥學方面的課程;在民國94年12月,更進一步與日本藥科大學簽訂學術交流合作協議,並由日本藥科大學捐款一億日幣,在本校成立都築傳統藥物研究中心。成立的目的是促進兩校學術資源的交流,提供兩校師生擁有良好環境與設施,共同研究中草藥,期望在一起合作下,可以在傳統藥物領域的學術研究發展上更加精進,藉由實質的交流活動,加速其國際化。